В шутерах игрок обычно находится в трёхмерном мире, имея определённую свободу в перемещении. Каждый уровень представляет собой ограниченный «лабиринт», в котором имеются враги, союзники и нейтральные участники (NPC).
Геймплей обычного шутера заключается в поиске выхода с очередного уровня, для чего необходимо уничтожить всех мешающих этому врагов, а также найти ключи к запертым дверям. Часто имеются и дополнительные цели, например, установить бомбу на вражеской базе, решить головоломку за короткое время. Иногда не нужно уничтожать всех врагов, а необходимо выполнить какое-то задание, чтобы пройти на следующий уровень.
Уровни бывают линейными и нелинейными. Линейные уровни проходятся единственно возможным маршрутом. Нелинейные уровни можно пройти по-разному, для посещения доступно сразу много помещений, здесь игроку нужно исследовать весь уровень, чтобы определить самый выгодный путь. Многие помещения в таких уровнях необязательно посещать, хотя в них можно найти ценные предметы и монстров, уничтожение которых засчитывается при подведении итогов миссии.
Такая «нелинейность» очень ценится игроками, но во многих случаях разработчики используют название «нелинейный шутер» как рекламный ход, в действительности выпустив линейный шутер.
Для сетевых игр такого рода характерно сочетание геймплея шутера от первого лица с огромным числом «живых» игроков.